Ajaib virus corona: kami menganalisis hipotesis tentang asal laboratorium SARS-CoV-2

Halo, Habr! Nama saya Alexander Panchin dan saya seorang ahli biologi. Kebetulan saya dan kolega saya hari ini menerbitkan artikel ilmiah di majalah BioEssays yang membahas analisis teori konspirasi, yang aslinya dirumuskan dalam bentuk postingan di Habré. Tampaknya logis bagi saya untuk mempublikasikan analisis tidak hanya di blog saya, tetapi juga di sini, terutama karena orang-orang yang baik hati mengundang saya ke sini.



Pada awal Februari tahun ini, spesialis WHO yang mengunjungi Wuhan mengatakan pada konferensi pers bahwa mereka mengecualikan [1] versi asal buatan dari virus korona SARS-CoV-2. Virus mungkin berasal dari kelelawar melalui inang perantara yang tidak diketahui. Namun, menurut survei oleh Levada Center yang diterbitkan pada bulan Maret, 64% orang Rusia mengatakan bahwa "virus corona diciptakan secara artifisial dan merupakan bentuk baru dari senjata biologis" [2] (Gbr. 1, karena penasaran, menciptakan sebuah survei serupa di sini).



gambar



Memang, selama epidemi, banyak versi muncul di media tentang asal muasal virus corona. Kebanyakan dari mereka mencurigai laboratorium Wuhan, tetapi ada juga tuduhan terhadap Amerika Serikat dan bahkan "Vektor" Rusia. Dikatakan bahwa SARS-CoV-2 dibuat menggunakan urutan genom HIV, gen manusia, bahwa ini adalah virus corona dari publikasi ilmiah di jurnal Nature - semua ini dibahas secara rinci di halaman blog saya [3 -4].



Tapi satu teori konspirasi tidak muncul di media kuning atau di blog pribadi, tetapi bermigrasi dari Habr [5] ke halaman jurnal ilmiah yang cukup terhormat BioEssays [6]. Sebuah artikel oleh Rossana Segreto dan Yuri Deigin mengatakan bahwa virus korona SARS-CoV-2 "dapat disintesis dengan menggabungkan genom yang mirip dengan virus korona RaTG13 dengan domain pengikat reseptor dari virus korona yang mirip dengan yang ditemukan pada trenggiling." Sangat mengherankan bahwa Yuri (penulis hipotesis ini, awalnya diposting di Habr'e) adalah artikel ilmiah pertama.



BioEssays hari ini menerbitkan analisis terperinci dari banyak kesalahan yang ditemukan dalam artikel ini, dan analisis bukti yang mendukung asal mula alami virus korona SARS-CoV-2. Kami melakukan pekerjaan ini dengan Alexander Tyshkovsky, peneliti senior di laboratorium biologi sistem penuaan di Universitas Negeri Moskow yang dinamai M.V. Lomonosov dan Harvard Medical School.



Mari kita menganalisis masalah artikel oleh Segreto dan Deigin poin demi poin.



1. Coronavirus RaTG13 dari kelelawar adalah kerabat terdekat yang diketahui dari virus corona SARS-CoV-2. Namun, hanya ada 96,2% kesamaan antara kedua virus di tingkat genom. Dari perbedaan ini, perkiraan waktu divergensi virus corona ini mengikuti - 1948-1982 (40-70 tahun yang lalu). Bahkan budidaya di laboratorium tidak akan mempercepat proses ini secara signifikan: misalnya, budidaya virus SARS terkait (SARS-CoV) selama 30 hari hanya menghasilkan perbedaan 0,02% pada tingkat genom. Oleh karena itu, diperlukan waktu lebih dari 15 tahun untuk membuat SARS-CoV-2 dari RaTG13 dalam eksperimen semacam itu.



Orang mungkin berpendapat bahwa ada metode untuk mempercepat akumulasi mutasi selama evolusi virus di laboratorium. Namun, metode tersebut meninggalkan "jejak": beberapa mutasi lebih sering terjadi dengan pendekatan ini daripada dalam kondisi alami. Di jalur evolusi menuju SARS-CoV-2, kami tidak melihat jejak seperti itu. Sebaliknya, substitusi nukleotida terjadi pada frekuensi relatif yang sama seperti pada jalur evolusi dari virus korona alami lainnya, SARS-CoV (Gbr. 2).



gambar



2. Domain pengikat reseptor dari virus korona yang ditemukan di trenggiling juga tidak cocok untuk pembuatan virus korona SARS-CoV-2. Segreto dan Deigin menulis tentang identitas domain ini dengan domain SARS-CoV-2, tetapi ini hanya berlaku pada tingkat urutan asam amino. Pada tingkat genetik, kesamaan antara daerah RNA yang mengkode domain ini hanya 86,6% (Gbr. 3). Artinya akumulasi perbedaan ini juga akan memakan waktu bertahun-tahun. Terlepas dari kenyataan bahwa coronavirus trenggiling baru ditemukan pada tahun 2019.



gambar



3. Bersikukuh bahwa virus korona SARS-CoV-2 adalah produk dari kombinasi virus korona kelelawar dan virus korona trenggiling, Segreto dan Deigin berbicara tentang kemungkinan kecil rekombinasi alami, "mengingat kepadatan populasi trenggiling yang rendah dan insiden virus korona yang rendah. . " Untuk skenario seperti itu, dua virus corona seharusnya menyerang satu trenggiling pada saat yang sama, yang mungkin tampak tidak mungkin. Tetapi hampir semua strain virus corona yang kita lihat pada trenggiling berasal dari kelelawar. Dan virus korona trenggiling saat ini tidak terkecuali. Oleh karena itu, bahkan jika kita berbicara tentang rekombinasi dua virus corona, itu bisa terjadi dengan sangat baik pada kelelawar, di mana virus melakukannya sepanjang waktu. Dan setelah itu, virus yang dihasilkan bisa masuk ke trenggiling, dan skenario seperti itu sepertinya tidak mungkin lagi.



Terakhir, Segreto dan Deigin bahkan tidak menyebut artikel di jurnal Nature Microbiology, yang mempelajari evolusi virus corona dan menyimpulkan bahwa SARS-CoV-2 mungkin sama sekali bukan produk rekombinasi. Berdasarkan gen protein spike, virus kelelawar raTG13 muncul selama proses rekombinasi. Jadi jika kita berbicara tentang sejenis asal buatan dari virus korona, maka ini lebih tepatnya. Benar, itu dibuka beberapa tahun sebelum SARS-CoV-2, jadi di sini para ahli teori konspirasi akan gagal.



4. Argumen lain dari Segreto dan Deigin terletak pada wilayah RNA SARS-CoV-2 yang ditemukan, yang dapat dibelah oleh enzim FauI. Enzim semacam itu digunakan oleh insinyur genetika, dan lokasi pemotongan terletak di dalam sisipan 12 nukleotida di situs furin, yang memainkan peran penting dalam penetrasi virus ke dalam sel. Tampaknya ini dia - bukti yang mengisyaratkan asal buatan. Namun, kenyataannya adalah bahwa para insinyur genetika mengetahui tentang ribuan enzim semacam itu, dan masing-masing dari mereka mengenali urutan nukleotida sendiri. Untuk menunjukkan betapa mudahnya menemukan situs pembelahan enzim di wilayah tertentu dalam gen, kami menggunakan program NEBCutter sederhana. Kami melihat berapa banyak potensi "situs pembelahan" yang dapat ditemukan di sekitar 500-nukleotida dari situs yang dipotong oleh FauI. Ada 287 situs seperti itu,180 di antaranya unik (contoh dapat dilihat pada Gambar 4).



gambar



Dengan kata lain, rata-rata, setiap sepertiga nukleotida dibelah oleh sejenis enzim. Penulis membuat kesalahan tipikal "penembak Texas" ketika mereka pertama kali "menembak" dan kemudian selesai menggambar sasaran. Tidak ada dasar apriori untuk mengisolasi situs FauI, dan di dalam fragmen 12-nukleotida yang dibahas, situs pembelahan untuk beberapa enzim hampir pasti akan ditemukan (saya akan menghilangkan perhitungan, tetapi probabilitasnya sekitar 99,5%).



Ini tidak semua kesalahan dan asumsi yang salah yang kami temukan di artikel, tetapi beberapa mungkin berubah menjadi terlalu rumit untuk presentasi populer. Perlu dicatat hanya keberatan terhadap teori konspirasi terkait, yang semuanya diisyaratkan Segreto dan Deigin dalam artikel yang sama. Gagasan bahwa SARS-CoV-2 tidak dibuat dari virus kelelawar atau trenggiling yang telah diketahui sebelumnya, tetapi dari beberapa virus tak dikenal yang disembunyikan dengan hati-hati di laboratorium Wuhan tidak dipalsukan (tidak memenuhi kriteria Popper, tidak dapat diverifikasi). Selain itu, ia kehilangan probabilitas terhadap hipotesis rekombinasi dua virus yang tidak dikenal di alam karena asumsi tambahan yang lebih sedikit (prinsip pisau cukur Occam).



Dalam artikel mereka, Deigin dan Segreto menulis dengan cara yang sama bahwa dengan menggunakan metode biologi sintetik modern, dimungkinkan untuk mencetak secara mutlak genom apa pun, termasuk genom SARS-CoV-2, "tanpa meninggalkan jejak". Ini, tentu saja, memang demikian, tetapi ini bukan argumen, karena virus apa pun dapat diciptakan kembali dengan metode biologi sintetik modern, dan SARS-CoV-2 tidak menonjol di sini. Dengan keberhasilan yang sama, seseorang dapat menulis artikel tentang asal laboratorium dari salah satu agen penyebab flu biasa.



Psikolog Rob Brotherton memiliki buku yang sangat bagus: Pikiran Tidak Dapat Dipercaya. Apa yang membuat kita tertarik pada teori konspirasi ”[8], yang tidak pernah saya rekomendasikan. Ini memberikan beberapa fitur menarik dari pemikiran manusia yang mendorong orang untuk percaya pada konspirasi yang belum dikonfirmasi.



Pertama, orang memiliki "kesalahan proporsional" - ekspektasi bahwa peristiwa besar pasti memiliki alasan yang besar. Orang-orang sulit percaya bahwa presiden sebuah negara yang kuat dibunuh oleh orang biasa, atau bahwa penutupan bandara di seluruh dunia disebabkan oleh mutasi acak yang menyedihkan. Sangat mengherankan bahwa teori konspirasi muncul di sekitar virus paling berbahaya, tetapi saya belum menemukan, katakanlah, teori bahwa laboratorium rahasia ada di balik penciptaan virus herpes.



Kedua, orang-orang dicirikan oleh pemikiran teleologis - gagasan bahwa segala sesuatu terjadi untuk suatu tujuan. Sebelumnya, orang-orang menghidupkan alam, melihat kemarahan roh atau dewa dalam gempa bumi, guntur atau badai. Sekarang fenomena ini dapat dimengerti oleh orang-orang, tetapi penyebab epidemi membingungkan banyak orang. Dan di dalamnya, demikian pula, mereka mencari awal yang masuk akal. Dalam hal ini, pemikiran konspirasi dekat dengan kreasionisme [9].



Ketiga, proyeksi khas orang - upaya untuk memahami pemikiran orang lain dengan menempatkan diri pada tempatnya. Pada tahun 2011, British Journal of Social Psychology menerbitkan sebuah artikel bahwa orang yang percaya pada teori konspirasi akan lebih bersedia untuk mengambil bagian dalam konspirasi [10].



Semua ini bersama-sama memberi kita epidemi informasi tentang bagaimana para ilmuwan yang mengerikan meracuni orang dengan virus, dan kemudian meracuni orang lagi dengan vaksin untuk memperkenalkan chip kepada semua orang dan mengendalikan umat manusia melalui 5G. Dan jika vaksin yang efektif untuk melawan virus corona telah dibuat, kita hanya bisa bermimpi mengalahkan teori konspirasi. Tapi setidaknya harus diupayakan, terutama di halaman jurnal ilmiah.



[1] www.rbc.ru/society/09/02/2021/602269ca9a79476961c9fcfb

[2] www.levada.ru/2021/03/01/koronavirus-vaktsina-i-proishozhdenie-virusa

[3] scinquisitor.livejournal.com /173753.html

[4] scinquisitor.livejournal.com/174949.html

[5] habr.com/ru/post/497956

[6] Segreto, R., & Deigin, Y. (2021). Struktur genetik SARS - CoV - 2 tidak menutup kemungkinan berasal dari laboratorium. BioEssays, 43, e2000240. doi.org/10.1002/bies.202000240 .

[7] Tyshkovskiy, A., Panchin, AY. (2021). Tidak ada bukti asal laboratorium SARS-CoV-2: Respon terhadap Segreto dan Deigin (https://doi.org/10.1002/bies.202000240). BioEssays. e2000325. doi.org/10.1002/bies.202000325

[8] evolutionfund.ru/project/1/book/3/nedoverchivye-umy-chem-nas-privlekayut-teorii-zagovorov

[9] Pascal dkk. 2018. Kreasionisme dan konspiracisme memiliki bias teleologis yang sama. Biologi Saat Ini. 28.847-870.

[10] Douglas dkk. 2011. Apakah perlu seseorang untuk mengenalnya? Pengesahan teori konspirasi dipengaruhi oleh kesediaan pribadi untuk bersekongkol. Jurnal Psikologi Sosial Inggris. 10 (3): 544-552



All Articles