Bioinformatika dengan gaji minimum. Mengapa kutu kerabat gletser?

Relevansi pelatihan

Tahap penting dalam pengembangan klasifikasi ordo pinjal dikaitkan dengan pengembangan penelitian genomolekuler. Saat ini, berkat metode ini, kekerabatan ordo kutu dan mecopter dikonfirmasi. Gen DNA ribosom, faktor elongasi sintesis protein dan gen mitokondria sitokrom oksidase II (COII), yang telah dipelajari di perwakilan sebagian besar famili ordo mecopter, serta 128 spesies dari 83 genera kutu dari 16 famili, sedang dipelajari secara aktif (S.G. Medvedev. 2009; Whiting 2002; Whiting et al.2008). Filogeni kutu direkonstruksi berdasarkan data pada gen-gen ini dengan berbagai metode pembuatan pohon filogenetik dan model untuk menghitung jarak berpasangan, yang sering disajikan dalam bentuk pohon konsensus (konsensus strick) (Whiting et al. 2008). Namun, dalam beberapa kasus, hasil studi genomolekuler bertentangan dengan skema ikatan keluarga,diperoleh atas dasar analisis filogenetik. Selain itu, sesuai dengan interpretasi yang berbeda dari data genetik molekuler, asal mula infraorder kutu dapat diinterpretasikan dengan berbagai cara. Jadi, dari sudut pandang penulis yang berbeda, kutu yang sama dapat berupa kelompok polifiletik dan monofiletik (Whiting et al. 2008, S.G. Medvedev. 2019). Hal ini mungkin terkait dengan kekhasan ekologi fauna kutu modern, dan berbagai masalah metodologi dalam menangani data genetika molekuler.dan kelompok monofiletik (Whiting et al.2008, S.G. Medvedev. 2019). Hal ini mungkin disebabkan oleh kekhasan ekologi fauna kutu modern dan berbagai masalah metodologi dalam menangani data genetik molekuler.dan kelompok monofiletik (Whiting et al.2008, S.G. Medvedev. 2019). Hal ini mungkin terkait dengan kekhasan ekologi fauna kutu modern, dan berbagai masalah metodologi dalam menangani data genetika molekuler.

Mengenai poin pertama, perlu ditekankan bahwa isolasi galur phyletic individu pinjal yang memiliki status setara dalam taksonomi terjadi pada interval historis yang berbeda. Hal ini, pada gilirannya, berarti bahwa fauna kutu adalah pecahan-pecahan paleofauna ekstensif yang tersebar, yang sebagian besar telah punah (S.G. Medvedev. 2009, S.G. Medvedev. 2019). Oleh karena itu, dengan pendekatan metodologi yang berbeda untuk studi molekuler genetik, kita dapat melupakan evolusi konvergen urutan nukleotida (homoplasia), yang dapat menyebabkan kesalahan dalam menentukan topologi pohon dan dukungan statistik cabang yang rendah. Jadi, misalnya, menggunakan data yang memiliki hubungan berbeda untuk taksa berbeda dan, karenanya, hubungan berbeda dengan bagian gen berbeda,kita akan menemukan celah dalam urutan, dan kurangnya data untuk lokus yang berbeda untuk sampel yang berbeda (S.G. Medvedev. 2019, Lukashov V.V. 2006). Oleh karena itu, saat memilih metode penelitian, semua masalah ini harus dipertimbangkan dan sampel taksa kutu yang paling banyak dipelajari dan umum harus dipilih untuk kemudian membandingkannya dengan sampel mecopter yang paling banyak dipelajari. Dengan cara ini kita dapat membangun pohon yang lebih dapat diandalkan dengan dukungan yang tinggi.

, Siphonaptera Mecoptera -II (COII).

:

1. Siphonaptera NCBI [5], .

   
   
   
   
   

2. (COX 1) Siphonaptera .

   
   
   
   
   

3. -II (COII) Mecoptera Siphonaptera   NCBI [1].

   
   
   
   
   

4. MEGA X.

   
   
   
   
   

5. .

   
   
   
   
   

NCBI [5] : Chaetopsylla globiceps (Taschenberg, 1880), Chaetopsylla trichosa (Kohaut, 1903), Ctenocephalides felis (Bouché, 1835), Ctenocephalides canis (Curtis, 1826), Ceratophyllus sciurorum (Schrank, 1803), Leptopsylla segnis (Schönherr, 1811). , NCBI[1], Boreus: Boreus westwoodi (Hagen, 1866), Boreus hymalis (Linnaeus, 1767), Boreus coloradensis (Byers, 1955), Boreus nivoriundus (Fitch, 1847), Boreus brumalis (Fitch, 1847), Boreus californicus (Packard, 1870), (.1.).

UPGMA [2] , - 500 [3]. Muscle (. 2.) MEGA X [4]. Muscle .  , .  translate DNA to protein and vice versa (.3), .  (. 3.) , - , . (.4). MEGA .  Modeltest 3.06 PPC (Posada, D., Crandall, K.C., 1999)  (AIC), . AIC , , (Posada, D., Buckley, T.R., 2004.).  MEGA X [4] 64- Windows 10 Home 4- INTEL 1,6 1  .

- [6] (.5.). 12 . 1-+2-+3-+. ( ). 742 .

( 1.)

(.2.)

(.3.)

(.4.)

 (.5)

. Mecoptera Siphonaptera. 60% , Mecoptera Siphonaptera. , , , . 

, MEGA X [4] (80%-100%) , . Ceratophyllus sciurorum Leptopsylla segnis (73%), . , (.. .2009; Whiting 2002; Whiting et al. 2008).

Mecoptera Siphonaptera . . Boreus nivoriundus Boreus brumalis (80%) «» Chaetopsylla globiceps Chaetopsylla trichosa (100%). , Mecoptera Siphonaptera. Boreus californicus (67%) . , . (.6.)

(.6.)

. . , , , . . . . [https://vk.com/phanerozoi] . , .

.

, , .

, .

1.     Whiting M.F. 2002. Mecoptera is paraphyletic: multiple genes and phylogeny of Mecoptera and Siphonaptera. Zoologica Scripta, 31: 93–104

2.     Whiting M.F., Whiting A.S., Hastriter M.W. and Dittmar K. 2008. A molecular phylogeny of fleas (Insecta: Siphonaptera) and host associations. Cladistics, 24: 1–31.

3.     , .. , 313, № 3, 2009, c. 273–282

4.     (SIPHONAPTERA) .., .. III , 2009, . 185-190

5.     / .. —.. , 2009. — .256. .29-31.

6.     Posada, D., Buckley, T.R., 2004. Model selection and model averaging in phylogenetics: advantages of the AIC and Bayesian approaches over likelihood ratio tests. Syst. Biol. 53, 793–808.

7.     Posada, D., Crandall, K.C., 1999. Modeltest. Bioinformatics 14, 817–818.

1.     http://lifemap.univ-lyon1.fr

2.     Sneath P.H.A. and Sokal R.R. (1973). Numerical Taxonomy. Freeman, San Francisco.

3.     Felsenstein J. (1985). Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap. Evolution 39:783-791

4. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., dan Tamura K. ( 2018 ). MEGA X: Analisis Genetika Evolusi Molekuler di seluruh platform komputasi. Biologi Molekuler dan Evolusi  35 : 1547-1549.

5.https:     //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4681159/

6. Tajima F. dan Nei M. ( 1984 ). Estimasi jarak evolusioner antara urutan nukleotida. Biologi Molekuler dan Evolusi  1 : 269-285.